Монастырь основан в 1600 г. царем Борисом Годуновым. Первое упоминание в исторических документах относится к 1635 г. Наименование «Заиконоспасский» объясняется его расположением за иконным рядом, находившимся вдоль Никольской улицы.
С 1665 г. в монастыре была устроена школа, которую возглавлял Симеон Полоцкий. Школа готовила чиновников для правительственных учреждений. В 1685 г. в помещениях обители была открыта Славяно-греко-латинская академия, во главе которой встали братья Иоанникий и Софроний Лихуды. Среди выпускников академии — многие деятели Церкви, ученые, литераторы. В 1814 г. академия была преобразована в Московскую духовную академию и переведена в Троице-Сергиеву лавру.
Главный храм монастыря — Спасский собор — был заложен в 1660 г. по повелению царя Алексея Михайловича. Средства на строительство дал боярин Ф.Ф. Волконский. Храм был освящен 20 ноября 1661 г. В 1737 г. собор пострадал от пожара, но был восстановлен И.Ф. Мичуриным и освящен летом 1742 г. На следующий год ворота, выходящие на Никольскую, были увенчаны колокольней. Заиконоспасский монастырь сильно пострадал во время нашествия Наполеона.
Луковичная главка-ротонда на куполе собора появилась в 1851 г. во время очередного подновления. На рубеже XIX-XX вв. монастырь принял свой окончательный облик.
В 1929 г. обитель была закрыта. В храме размещались различные государственные учреждения. В 1960-х гг. здание закрытого собора было отреставрировано.
Храм был возвращен Церкви в 1992 г. Богослужения возобновились в июле 1992 г.
5 марта 2010 г. Священный Синод постановил открыть Заиконоспасский ставропигиальный мужской монастырь, выделив его из Патриаршего подворья бывших Заиконоспасского и Никольского монастырей в Китай-городе г. Москвы.
