В 1454 году существовал храм во имя апостолов Петра и Павла. В 1516 году этот храм был перестроен и переосвящен во имя Успения Божьей Матери, получивший в отличие от Успенского собора в Кремле название Крутицкий Малый Успенский собор. Позже были возведены Митрополичьи палаты — дворец Крутицких митрополитов. В 1665 г. было начато строительство нового каменного здания соборной церкви с двумя престолами: Петра и Павла (нижним, зимним) и верхним — в честь Успения Богородицы. В 1895 году был добавлен придел во имя Сергия Радонежского.

В советское время богослужения в храме было приостановлено. Возрождение Крутицкого подворья приходится на конец 20 века. Реставрация храма и всего подворья проходит и в настоящее время.

С 2004 года при Патриаршем Крутицком подворье действует Воскресная школа для детей имени святых первоверховных апостолов Петра и Павла. С октября 2013 года возобновила свою деятельность Воскресная школа для взрослых. А с февраля 2014 годы начинает работу дистанционное (онлайн) отделение школы.