Московский исламский институт (МИИ) был создан в 1999 году на базе Московского высшего духовного исламского колледжа, основанного в 1994 году при Духовном управлении мусульман Европейской части России, зарегистрирован в качестве негосударственного образовательного учреждения высшего профессионального и послевузовского профессионального образования, может реализовать образовательные программы среднего профессионального образования, высшего профессионального образования, а также образовательные программы послевузовского профессионального образования, осуществлять подготовку, переподготовку и повышение квалификации работников, вести фундаментальные и прикладные научные исследования. МИИ имеет устав, лицензию по подготовке бакалавров направления «Теология», которая осуществляется на теологическом факультете. В 2013 г. МИИ получил государственную аккредитацию срок действия которой истекает 19 июля 2019 г. Образовательная программа подготовки бакалавра по направлению 48.03.01 Теология разрабатывалась на основании образовательного стандарта ФГОС 3+ и включает в себя учебный план, программы учебных дисциплин, программы учебных и производственных практик. По окончании института выпускники получают диплом бакалавра Теологии государственного образца.Образовательная программа по подготовке бакалавра теологии носит светский характер. Бакалавр теологии готовится к выполнению научно-исследовательской, педагогической, переводческой, редакционно-издательской, социальной работы, оказанию юридических услуг и других видов деятельности.В МИИ предусмотрены очная, очно-заочная (вечерняя) и заочная формы обучения. Учебный год в Московском исламском институте делится на два семестра и длится с 1 сентября по 30 июня. По окончании летней сессии студенты отправляются на практику в регионы.