В 90-е годы заочные библейские курсы были переименованы в Библейский институт, программа обучения кардинально переработана и расширена, было открыто отделение по подготовке учителей воскресных школ. Москва получила долгожданную семинарию, которая давала полноценное богословское образование на очной программе. В октябре 1993 года в Москве была организована и открыта Московская богословская семинария ЕХБ. Вначале в семинарии преподавали в основном иностранные профессора, однако уже через несколько лет в семинарию пришли работать ее собственные выпускники, которые и по сей день составляют костяк ее преподавательского коллектива. Торжественное освящение нового здания МБС на Перовской улице произошло в 2002 году.К 2005 году в братстве остро встал вопрос о необходимости объединения усилий Института и Семинарии в труде по подготовке служителей братства ЕХБ. Это слияние осуществилось в 2007 году.