Приход храма известен с 1529 года. Современное здание храма построено в 1570 году. Архитекторы неизвестны. Храм предназначался для Царя и царского двора. Главный престол храма освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, боковые приделы – Зачатия праведной Анны, Зачатия Иоанна Предтечи, 12-и апостолов, Святителей Московских, равноапостольных царей Константина и Елены (на втором этаже). С 1920 по 1923 год в храме служил священномученик Сергий (Воскресенский) пресвитер. В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, храм закрыт для богослужений и передан музейному отделу Главнауки в 1923 году. Реставрацией занимался реставратор П.Д. Барановский. В 1992 году приход был возрожден и получил юридическую регистрацию, в том же году приходу было передано бывшее здание храма. 11 сентября 1997 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил в храме Божественную литургию.; 4 сентября 2010 года в День города храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в сопровождении мэра Москвы Ю.М. Лужкова.