Предполагается, что Троицкая церковь в деревне Свиблово существует со времен Дмитрия Донского, и была построена, когда деревней владели бояре Свибловы. Однако, первое достоверное документальное упоминание храма относится к началу XVII века. Храм действовал до 1938 года, пока его не закрыли.

В 1970—1980-х годах в усадьбе Свиблово проводились реставрационные работы, затрагивающие и здание храма. В 1990 году Патриарх Алексий II обратился с просьбой о возвращение храма Русской православной церкви, которая была удовлетворена. В 1994 году храм получил статус патриаршего подворья, в 1995 году здесь возобновляются богослужения.

Работают Воскресная школа и молодежный клуб «Встреча».

В 2001 г. открылась «Православная школа имени Сергия Радонежского в Усадьбе Свиблово».