Приход храма святых апостолов Петра и Павла у Яузских ворот известен с 1623 года. Современное здание трехпрестольного храма было построено в 1878 году. Архитектор неизвестен. 24 ноября 1878 года епископ Дмитровский Амвросий (Ключарев) совершил торжественное освящение. В 1948 году по благословению святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I при храме было открыто подворье Сербской Православной Церкви, которое фактически не начало действовать по политическим причинам. Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 31 декабря 1999 года храм святых апостолов Петра и Павла был преобразован в Патриаршее подворье, при котором было возобновлено представительство Сербской Православной Церкви.