В 1772 году на территории кладбища была построена церковь в честь священномучеников Херсонесских. Современное здание трехпрестольного храма было освящено 25 сентября 1838 годв. Построен был храм по проекту архитектор Ф.М. Шестаков. Главный престол освящен в честь Сошествия Святого Духа, приделы – в честь святых мучеников Херсонских и Успения праведной Анны. Это один из немногочисленных храмов, который в советское время не закрывался и не подвергался разорению. По числу захоронений православного духовенства, Даниловское кладбище можно считать крупнейшим в столице.