Два храма подворья расположены по обе стороны переулка.; Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором Возведен в 1514 году находившемся здесь в Иоанновском «под бором» монастыре зодчим Алевизом Фрязином. Современное здание трехпрестольного храма было построено в 1658 году. Архитектор неизвестен. Храм обновлялся в 1796 году, в 1896-1904 гг. (в этих работах принимал участие Ф.О.Шехтель), реставрировался в 1970-80-х гг. Главный престол освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, боковые – святителя Николая Мирликийского и Косьмы и Дамиана Асийских.; Приход храма мучеников Михаила и Феодора Черниговских Известен с 1625 года. Современное здание однопрестольного храма было построено в 1675 году. Архитектор неизвестен. В 1820 году приход храма мучеников Михаила и Феодора Черниговских и приход храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором были объединены в один. В годы гонений приход храмов был снят с юридической регистрации, а здания храмов закрыты для богослужения и переданы в народное хозяйство в 1918 году. В 1991 году было учреждено Патриаршее подворье. В 1993 году подворью было передано бывшее здание храма мучеников Михаила и Феодора. Тогда же были начаты ремонтно-восстановительны работы на территории Патриаршего подворья, которые ведутся по сегодняшний день. В 1997 году было передано здание храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. С 1 октября 2010 года в помещениях подворья располагается Общецерковная аспирантура и докторантура им. святых Кирилла и Мефодия.