Приход храма святителя Николая Мирликийского в Подкопаях известен с 1493 года. После разорения в 1812 году приход храма был приписан к Иоанно-Предтеченской церкви Ивановского монастыря. Современное здание храма было построено в 1855 году и было передано под Александрийское патриаршее подворье.Архитектор Н.И. Козловский. В годы гонений храм был закрыт и передан в народное хозяйство в 1929 году. В 1990 году приход был возрожден, было передано бывшее здание храма. С 1991 года по настоящее время в здании храма ведутся ремонтно-восстановительные работы.