Приход храма святителя Николая в Клениках известен с 1468 года. В 1701 году было построено современное здание двухэтажного храма. Архитектор неизвестен. Главный престол освящён во имя Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Боковой придел верхнего храма — в честь святителя Николая Мирликийского. Два престола нижнего храма освящены в честь Всех святых, в земле Российской просиявших, и святых нашего храма – праведного Алексия и священномученика Сергия, пресвитеров Московских. В 1893-1923 годах настоятелем храма был московский старец в миру, протоиерей Алексий Мечёв. После его кончины руководство маросейской общиной и настоятельство принял его сын, протоиерей Сергий Мечёв, в 1942 году расстрелянный за веру Христову после неоднократных арестов, ссылок и лагерей. Оба пастыря храма прославлены в лике святых. В годы гонений храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1932 году. В 1990 году приход был возрождён и было передано бывшее здание храма. 4 января 1992 года восстановленный Казанский придел освящен Великим Архиерейским чином, совершенным Святейшим Патриархом Московским Алексием II.