В 1996 г. администрация Северного округа выступила с инициативой строительства нового храма на Дмитровском шоссе.
Работы по возведению храма начаты в 1997 г. по проекту АО «Аркада» (арх. А.В. Бормотов, В.И. Якубени).
В основу проекта положена церковь Живоначальной Троицы 1826 г. в усадьбе Ершово Звенигородского уезда (арх. А.Г. Григорьев).

6 октября 2001 года состоялся первый молебен свт. Иннокентию Московскому.

19 декабря 2001 года состоялось освящение Памятного Креста в честь воинов, погибших в горячих точках. 15 сентября 2005 г. состоялось малое освящение храма и первая Литургия.

Святыни Храма

• Список чудотворной иконы Божией матери Ситская (Казанская) с частицей мощей святителя Иннокентия Московского
• Частицы мощей свт. Амвросия Медиоланского и свт. Григория Двоеслова, папы Римского
• Частица мощей мученика Назария Медиоланского