Приход храма великомученицы Варвары известен с 1514 года. В 1514 году в Зарядье был построен каменный посадский храм вмц. Варвары (архитектор Алевиз Новый), давший впоследствии название улице. Современное здание храма было построено в 1796-1804 году. Архитектор Р.Р.Казаков. В 1812 году французы использовали храм под конюшню. Здание сильно пострадало и было восстановлено в 1820-х годах. В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1920 году. В 1965-1967 году была проведена частичная реставрация здания храма под руководством архитектора Г. А. Макарова была восстановлена колокольня. В 1991 году было учреждено Патриаршее Подворье храмов в Зарядье. В 1995 году Подворью было передано бывшее здание храма.