С XV века в Сокольниках князья и цари увлекались соколиной охотой. Но после того как в начале XIX ст. царские владения были распроданы купцам, те начали строить здесь фабричные корпуса. В конце XIX ст. городские власти, в свою очередь, стали скупать эти земли и возводить на них многочисленные больницы и богадельни. Также были построены Работный дом и дом Трудолюбия, при которых были фермерское хозяйство и целая сеть мастерских. Со временем для местных обитателей решили построить храм.

Сначала обитель задумывалась как небольшая домовая церковь. Однако благодаря О. А. Титовой, вдове местного фабриканта, удалось построить более вместительный храм – на 800 человек. Благодетельница пожертвовала необходимую на строительство сумму – 100 тыс. руб. – с небольшим условием: освятить главный престол во имя Иоанна Предтечи, а нижний – во имя апостола Матфея (в память о муже и сыне).

Строительство храма Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках длилось с 1915 по 1917 годы. Благодаря удачному архитектурному решению Николая Шевякова здание стало доминантой архитектурного комплекса Работного дома. В архитектуре обители присутствовали черты псково-новгородского и византийского стилей. Здание было величественным – высокое, с одним куполом, с продолговатыми окнами, закруглёнными сверху, и перспективным порталом. Из декора — красивые орнаменты, ступенчатый карниз, аркатурно-колончатые пояса, фреска. Для создания дубового иконостаса пригласили резчика Петра Сизова, а иконы в нём – строгановской школы, написанные Николаем Сафоновым.

В 1919 г. было заключено соглашение, по которому милиция имела право использовать здание храма Рождества Иоанна Предтечи в богослужебных целях. И всё же власти предприняли неудачную попытку закрыть обитель в том же году. В конце концов, храм закрыли в январе 1923 года. Ценную утварь вывезли, иконостасы и хоругви (знамёна с образом Христа) передали церкви Введения во храм Богородицы, само здание изувечили – сняли купол, колокола, уничтожили фреску. С 1950-х гг. в обители располагался термогальванический цех электромеханического завода, расположившегося рядом. Со стороны алтаря в здание встроили котельную. В конце концов храм Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках довели до аварийного состояния.

В 1998 году обитель вернули Церкви и вместе с относящимися к ней землями наделили статусом Патриаршего Подворья. Кроме того, храм определили как памятник архитектуры федерального значения.

В 2000-м году электромеханический завод (в связи с его банкротством) купило другое предприятие – «Новейшие технологии связи», а церковь так и продолжала стоять посреди его построек, за оградой. Прихожане многие годы отвоёвывали храм. И в 2009 году здание церкви и два здания Работного дома отделили от завода металлической оградой; также снесли котельную.

В 2003 году храм Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках заново освятили, и с тех пор в нём проходят регулярные богослужения.

Сейчас постройки, не имеющие отношения к обители, разобрали, и храм активно реставрируется.