Здание госпиталя было выстроено по указу императора Петра I для лечения нижних чинов и обучения лекарей. Госпиталь открыли в 1707 г. вместе с первой в России госпитальной школой. Первоначально он был рассчитан на двести больных, а в 1756 г. расширен до тысячи мест. Коренная перестройка центральной части госпиталя производилась в 1798 г. архитектором И.В. Еготовым, угловых же частей здания – в начале XIX в. при императоре Александре I. На обширной госпитальной территории существовало три храма – апостолов Петра и Павла, иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и Московских святителей.
Первую церковь Воскресения Словущего выстроили одновременно с госпиталем. В 1738 г. она сгорела и была возобновлена. После перестройки здания храм перевели в центр психиатрического отделения, выходящего на Яузу, и освятили 20 июля 1801 г. во имя первоверховных апостолов Петра и Павла. В нем находились иконостас в стиле ампир начала XIX в. с иконами в ризах, запрестольная икона начала XVIII в. (с одной стороны – Смоленский образ Божией Матери, с другой – святителя Николая), запрестольный деревянный золоченый крест начала XVIII в., икона Божией Матери «Трех радостей» XVIII в. в бисерной ризе, Смоленская икона Божией Матери первой половины XVII в., образ святителя Николая конца XVIII в., четыре украшенных драгоценными окладами Евангелия XVII–XVIII вв. В храме находилось немало серебряных предметов: три комплекта богослужебных сосудов XVIII – начала XIX века, две дарохранительницы XVIII в., напрестольный чеканный крест 1717 г., крест XVIII в. с мощами, два заклиросных киота XVIII в., потир с надписью 1733 г., четыре подсвечника начала XVIII в. Петропавловский храм обновили в 1896 г. на средства ктитора Гаврилова в память предстоящего коронования императора Николая II. Иконостас вновь вызолотили, иконы отреставрировали.
После Октябрьской революции 1917 г. Генеральный госпиталь переименовали в 1-й красноармейский коммунистический. Храм закрыли около 1921 г. Большинство его церковного имущества передали в церковь села Неверово Тверской губернии. Наиболее ценные иконы и серебряные предметы поступили в музейные фонды. С 1946 г. госпиталь носит имя Н.Н. Бурденко.
Одним из первых военных лечебных учреждений в нашей стране Главный военный госпиталь стал возрождать многовековые духовные традиции. В 1995 г. начались молебны на территории старейшего храма во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла в неврологическом корпусе. Вновь, после долгого молчания, под старинными сводами зазвучало Православное Слово помощи и утешения. В 1999 г. в госпиталь был назначен священник иерей Сергий Волков, духовно окормлявший пациентов до 2012 г. (ныне – настоятель московского храма Воскресения Христова в Марьино). Благодаря его стараниям и активной помощи сотрудников в 2002 г. в госпитальном храме во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла состоялась первая за восемьдесят лет Божественная литургия. 24 октября 2006 г. викарий Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия ІІ епископ Дмитровский Александр совершил чин освящения закладного камня нового, отдельно стоящего храма во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в Большом парке госпиталя.
В апреле 2007 г. при проведении ремонтных работ в помещении храма были обнаружены большие фрагменты росписей. Специалисты из Межобластного научно-реставрационного художественного управления Министерства культуры РФ установили, что они относятся к началу и середине XIX века. С 2012 г. домовый храм госпиталя приписан к старинному воинскому храму святых первоверховных апостолов Петра и Павла на Солдатской улице, обновленному в 1711 г. на средства основателя госпиталя императора Петра I. Его настоятель игумен Алексий (Вылажанин) и иерей Илья – благочинный Петропавловского округа – прилагает немалые усилия, чтобы храм госпиталя благоукрашался и в нем продолжалось духовное окормление пациентов и сотрудников. За эти годы не один десяток воинов – от молодых солдат, находящихся в госпитале на излечении после ранений, до убеленных сединами офицеров запаса пополнили ряды Воинов Христовых, приняв в госпитальном храме Святое Крещение. Известно множество случаев быстрого улучшения состояния здоровья тяжелых госпитальных пациентов после принятия Церковных Таинств.
Святыни храма – икона Собора преподобных Оптинских старцев с частицей мощей.
