Приход храма апостолов Петра и Павла в Басманной Капитанской слободе известен с 1692 года. Возведение современного каменного здания началось в 1705 году по эскизу императора Петра I на пожертвованные им же деньги и было закончено в 1719 году. Архитектор И.Зарудный. 31 августа 1708 года освятили престол Петра и Павла, который тогда располагался в нижней церкви. В 1714 году начали возводить верхний храм, но работы были прекращены из-за запрета на каменное строительство в Москве. Закончить строительство храма удалось только к 1723 году под руководством архитектора Ивана Мичурина. Колокольню храма построили в 1745-46 гг. Главный престол храма (верхний ярус) освящён в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла. Центральный придел нижнего яруса посвящен святителю Николаю Мирликийскому, боковые приделы освящены в честь икон Божией Матери «Владимирская» и «Утоли моя печали». В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а здание храма передано обновленческой общине в 1922 году. Окончательно храм закрывают в 1934 году и размещают в нем склад. В 1935 году храм был закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство. В 1992 году приход был возрождён и получил юридическую регистрацию. В 1994 году приходу было передано бывшее здание храма и начались реставрационно-восстановительные работы.