Сюда в 1678 переселили царских псарей и скоморохов, первоначально находившихся в слободе Старое Ваганьково (ок. Кремля). Существует несколько версий происхождения слова «ваганьково»: от «ваганить» — потешать, шутить; «ваганец» — место сбора денежного налога; от «ваган» («важан») — жителей Вяжской области, переселенных в Москву.

В 1860 coopужены новые трапезная и колокольня. Около 1892 приделы свт. Николая Чудотворца и свт. Димитрия Ростовского вынесены из трапезной вперед в линию с главным престолом. В 1900—1902 на средства Г.Ф. и Н.Ф. Серебряковых к старому храму был пристроен новый с главным престолом в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» (архитектор Г.А.Кайзер). Расписан внутри в 1908 году.

В 1922 из храма власти изъяли 12 пудов золотых и серебряных украшений и церковной утвари. Закрыт в 1929. Сильно перестроен. Разрушены главы храма и колокольня до первого яруса, в трапезной пробит второй ряд окон.

До 1990 в здании размещался Дом культуры, затем оно находилось в запустении. В 1992 возвращен РПЦ. Начались реставрационно-восстановительные работы. Богослужения возобновились в декабре 2000.

К особо чтимым святыням храма относится реликварий с частицей мощей Святого Николая Мирликийского, выносимый из алтаря по воскресным и праздничным дням, икона Чудотворца с частицей его мощей, находящаяся в Никольском приделе, а также образ Святой мученицы Татианы с частицей мощей в центральной части храма и икона Святого великомученика и целителя Пантелеймона в приделе Святого Димитрия Ростовского, написанная в 1909 г. в Андреевском скиту на Афоне.

При храме действует воскресная школа для детей и взрослых. Занятия проходят по воскресеньям с 12.00 до 16.00