Приход храма мученика Трифона известен с конца XVI века. Современное здание храма было построено в 1592 году. В конце XIX века здание храма имело трапезную часть, колокольню и приделы в честь Николая Мирликийского и праведного Филарета Милостивого. В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1931 году. В 1932 году все пристройки, не относящиеся к XVI веку, были взорваны. В 1992 году бывшее здание храма мученика Трифона было передано приходу храма Знамения иконы Божией Матери в Переяславской слободе, в качестве приписного.