Приход храма священномученика Климента папы Римского известен с 1597 года.
Современный архитектурный ансамбль сложился в 1762-1774 году. Архитектор неизвестен. В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1929 году. В 2002 году приход был возрождён и получил юридическую регистрацию. В 2005 году был передан приходу для богослужений придел в честь иконы Божьей Матери «Знамение», а в 2008 году полностью храм. При храме действует социальная служба, реставрационная и иконописная мастерская, проводятся хоровые занятия для детей и взрослых, катехизические занятия для взрослых. Церковь св. Климента папы Римского является памятником архитектуры федерального значения и находится на балансе Управления Государственного контроля охраны и использования памятников истории и культуры Москвы. Климентовская церковь имеет приделы: Знамения Божией Матери, Неопалимой Купины, Николая Чудотворца, Климента папы Римского, Петра Патриарха Александрийского, а также приделы Вознесения Господня и Рождества Богородицы, расположенные на хорах.