В XVI веке земли по речке Рыжовке, в состав которых входило село Пучково (тогда — деревушка Пучниково), принадлежали боярину Абраму Дурново. С конца 17-го века вотчина перешла по женской линии во владение старинного боярского рода Хитрово. Тогда же здесь появилась первая деревянная церковь. С середины XVI в. 2-й думный чин Боярской думы — Александр Севостьянович Хитрово построил в своей усадьбе деревянную церковь во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев. По местной легенде строительство храма связано с чудесным избавлением Хитрово от смерти во время кораблекрушения по пути на Соловки. В 1785 году деревянная церковь сгорела и Петр Васильевич Хитрово (потомок А. С. Хитрово) — знаменитый екатерининский вельможа, сенатор и кавалер — тотчас отправил прошение разрешить выстроить каменную церковь во имя Казанской иконы Божией Матери с приделом прпп. Зосимы и Савватия.

В 30-е годы 20 века церковь Казанской иконы Божией Матери закрыли и долгие годы в ней находился склад, затем овощехранилище, с конца 50-х годов – клуб. К 70-м годам храм перестали использовать и оставили открытым всем ветрам. В это время здание получило значительные разрушения. Восстановление храма  и приходская жизнь началось в 1990 г.

Сейчас при храме действует реабилитационный центр «Дом слепоглухих»,  в 2014 г. открылась группа детского сада при Троицкой Православной школе, с 2015 г. действует учебно-реабилитационный центр для взрослых инвалидов с аутизмом — «Дом особенных людей», а в 2017 г. начала работу Приходская Воскресная школа.

Все эти годы храм сотрудничает с войсковой частью в Пучково — Центральным морским радиоотрядом.