Возведение первой деревянной церкви в Аксиньине относится к 1708 году.
При новом владельце графе Александре Петровиче Толстом, по сведениям 1776 года, в селе Аксиньине, имелась церковь во имя Знамения Пресвятой Богородицы «зданием деревянная, не ветхая, святыя иконы местные и в иконостасе все исправны, в алтаре святой престол непоколебим, антиминс новой, сосуды серебряные».
В 1782 году настоятель Знаменской церкви священник Сергий Ефимов обращался к архиепископу Московскому и Калужскому Платону (Левшину) с просьбой разрешить ремонт храма. Архиерейское благословение было получено, и в конце XVIII века стараниями графини Анны Александровны Толстой храм и колокольня были существенно перестроены.
В 1840—1850-е годы усадьбой при селе Знаменском-Аксиньине владел генерал-лейтенант Алексей Петрович Толстой. К 1866 году относится первая попытка причта и прихожан церкви Знамения возвести в своем селе новый каменный храм. Но в то время строительство каменной церкви не состоялось, что объясняли нехваткой средств. Вместо предполагавшейся постройки в 1869 году капитально отремонтировали старый деревянный храм.
В 1871 году в приходе Знаменской в Аксиньине церкви произошло важное событие: по благословению митрополита Иннокентия (Вениаминова) в усадьбе при сельце Головине была построена деревянная домовая церковь во имя Всемилостивого Спаса в незарегистрированной общине престарелых и больных женщин и девиц. Так было положено начало Казанскому Головинскому женскому общежитию, позже преобразованному в монастырь.
В 1860-е годы в Аксиньине открылось начальное училище. Новый владелец усадьбы, фабрикант Сергей Григорьевич Молошников и благотворитель Митрофан Дмитриевич Щеглов (Торговый дом Петрова и Щеглова в Балашихе) в июне 1883 года обратились к митрополиту Московскому и Коломенскому Иоанникию (Рудневу) с прошением устроить на свои средства новый каменный храм с устроением еще одного придела с левой стороны храма. во имя Святых Апостолов Петра и Павла. Придельную церковь предполагалось устроить в память почившего брата храмоздателя Петра Григорьевича Молошникова.
Проект новой церкви в Аксиньине был заказан известному московскому архитектору Александру Густавовичу Вейденбауму. Опытный зодчий, Вейденбаум с 1876 года работает в Москве, исполняя обязанности московского губернского архитектора. Знаменская церковь — единственный сохранившийся памятник, построенный по проекту Вейденбаума в Москве.
В своей пояснительной записке к проекту Вейденбаум пишет: «Новая церковь предполагается в стиле, подобном стилю греческой в Ямбурге, с тою только разницею, что при ней будет отдельная колокольня». В июне 1883 года проект был одобрен.
Интенсивные строительные работы велись более года, и в 1884 году новый храм был торжественно освящен при соборном архиерейском богослужении. Как и просили храмоздатели, Петропавловский придел стал усыпальницей для Петра Григорьевича Молошникова. Его брат, староста Знаменского храма С. Г. Молошников, после кончины в 1911 году похоронен около церкви.
Работы по внутреннему убранству вновь построенного храма продолжались до 1900 года. Известно, что иконостасы для церкви и придела выполнены в московской мастерской Я. Е. Епанешникова.
В 1884 году с разрешения Консистории старая деревянная Знаменская церковь была разобрана, а место ее престола отмечено маленькой часовней.
Церковь Знамения в Аксиньине возведена в русско-византийском стиле.
В первые годы советской власти в жизни аксиньинского прихода не было каких-либо знаменательных событий. Как и по всей России, весной 1922 года здесь имело место изъятие церковных ценностей. В отличие от соседних церквей аксиньинский храм не был закрыт. Его служители, однако, не избежали репрессий.
В хрущевскую «оттепель» Знаменскую церковь пытались закрыть постоянно повышающимися налогами (только за 1961 год налог повышали трижды).
Строительство нового района Химки-Ховрино и открытие станции метрополитена «Речной вокзал» изменило состав прихода Знаменской церкви. Храм переполнился верующими.
В 1970—1980-е годы церковное здание было увеличено пристройкой левого придела и крестильного зала, возведена новая ограда, построен кирпичный церковно-причтовый дом.
Знаменский приход в настоящее время находится в центре церковной жизни: работает двухклассная воскресная школа, проводится катехизаторская и социальная работа, осуществляется шефство над детскими и взрослыми лечебными учреждениями, ведется благотворительная деятельность.
