Церковь была восстановлена только к 1646 году, а в 1682 в селе возводят вторую трехпридельную церковь во имя иконы Божией Матери «Знамение». После смерти Лефорта в 1699 году, Пётр I приближает к себе своего сподвижника Ф. А. Головина, награждает его орденом святого Андрея Первозванного и возводит в чины генерал-фельдмаршала и генерал-адмирала. В числе прочих наград к Головину отходит и поместье в селе Ховрино, которое после его смерти наследует его сын Николай, по приказу которого в 1740 году старую Знаменскую церковь сносят, а на её месте закладывают новую каменную, строительство которой заканчивается к 1741 году.
В 1860 году бывшее имение Головиных купил надворный советник Евграф Владимирович Молчанов, решивший построить в Ховрино новый храм. Проект храма был заказан архитектору М. Д. Быковскому, под руководством которого на средства Молчанова к тому времени было построено уже несколько московских храмов, в том числе и Храм Троицы Живоначальной на Грязех у Покровских ворот. Новый храм был заложен в 1868 году и его строительство продолжалось два года; освящение храма состоялось в 1871 году.
В 1937 году, после расстрела служивших в Знаменском храме с 1932 года, священника о. Николая и архимандрита Амвросия, службы стали нерегулярными и в 1939 году храм закрыли окончательно. В 1941 году в здание храм разместили госпиталь, после войны храм долго пустовал, а в 1960 году его отдали артели слепых, разместив в нем производственные помещения. В 1980 году в здании храма разместили гараж Рыбстоймонтажа СССР. С 1972 имение Ховрино была поставлена на государственную охрану, в том числе и Знаменский храм и в ней с 1979 года велась реставрация, которая только ухудшила состояние имения.
Храм был передан Русской Православной Церкви в 1991 году, к 1994 году начал действовать полностью обновленный нижний храм во имя Николая Чудотворца, верхний Знаменский храм начал действовать в 1997 году.
Приходская жизнь в Ховрине возродилась. Богослужения проводятся ежедневно. Теперь здесь несколько священников. В храме действует воскресная школа, в которой обучаются примерно 70 прихожан, детей и взрослых. На Рождественские и Пасхальные праздники ученики воскресной школы обязательно готовят праздничные спектакли. Возобновлён церковный архив, где собраны документы по истории и строительству храма. Издается журнал «Лампада», открылась православная гимназия «Лампада». Недавно открыл свои двери Культурно-просветительский центр, в котором регулярно проходят музыкальные концерты.
