В 1679 году стрельцами полковника Никифора Ивановича Колобова был образован приход и заложен первый камень в основание будущей церкви во имя иконы Матери Божией «Знамение». В 1754 году был устроен ещё один придел во имя преподобного Сергия Радонежского. После подавления стрелецкого восстания по указу Петра I стрелецкие полки были расформированы. Но храм Знамения Пресвятой Богородицы продолжал жить и служить «людям государевым». На месте стрелецкой слободы позднее размещались Петровские казармы, а еще позже обосновалась Московская жандармерия. Здесь же после революции обосновалось и Центральное Управление Московской милиции. В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1932 году. В 1994 году приход был возрожден и получил юридическую регистрацию. В 1995 году приходу было передано бывшее здание храма. В Великую Субботу 14 апреля 2001 года храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 21 ноября 2002 года Знаменскому храму был присвоен статус гарнизонного при ГУ МВД России по городу Москве. С 1994 года по настоящее время в здании храма ведутся ремонтно-реставрационные работы. В Великую Субботу 14 апреля 2012 года произошло знаменательное событие — посещение храма Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом.