Монастырь, что на Старом Государевом дворе, был основан в 1629-1631 году царем Михаилом на месте родовой усадьбы бояр Романовых. В 1679 — 1684 годах на средства боярина Милославского костромскими мастерами Ф. Григорьевым и Г. Анисимовым был выстроен двухэтажный пятиглавый монастырский собор. В конце XVIII века начинается новый период расцвета монастыря. Собор был расписан, его стены украсила лепнина. Была построена новая колокольня, которая стала главным входом в собор. В 1859 году в отреставрированных по приказу Александра II древних палатах монастыря был открыт музей «Дом бояр Романовых». В годы гонений монастырская община была ликвидирована, а здания монастыря, в том числе и собор были переданы в народное хозяйство в 1929 году. Его здания и собор были приспособлены под жильё. В 1991 году было образовано Патриаршее Подворье храмов в Зарядье. В октябре 1992 года Подворью было передано бывшее здание собора. С 2005 года по настоящее время в здании Собора ведутся ремонтно-реставрационные работы.