Первый деревянный храм Флора и Лавра у Мясницких ворот появился еще в 15 веке. В 1657 году храм обрел каменные формы. 18 августа к Мясницким воротам съезжалось пол Москвы, так как считалось, что святые Флор и Лавр являлись покровителями лошадей и народ гнал лошадей на площадь для окропления святой водой.  Считалось, что святые, помогшие при жизни пастуху найти свой табун, непременно будут покровительствовать освященным животным.

В 1934 году храм был полностью разобран.

В 2005 г. была зарегистрирована православная община храма Флора и Лавра у Мясницких ворот, создан и утвержден Патриархом Московским Алексием II проект воссоздания архитектурного ансамбля, который будет реализован.