В правление Анны Иоанновны деревянная церковь сгорела. В 1732—1735 годах на его месте на средства купца Андрея Семёнова было построено современное каменное здание. В 1736 году был освящён придельный престол во имя архангела Михаила, а в 1738 году — главный престол во имя девяти Кизических мучеников. В том же году на средства Варвары Челищевой и Варвары Нерской была возведена трапезная с приделом великомученицы Варвары. В 1844 году к храму была пристроена трёхъярусная колокольня. В 1889 году по проекту архитектора Николая Финисова была перестроена паперть церкви.
В специально построенном здании работала церковно-приходская школа, называемая «Девятинской». В 1903 году в ней было 36 учащихся, попечителем был Владимир фон Мекк.
5 апреля 1922 года во время кампании советской власти по изъятию церковных ценностей под предлогом помощи голодающим Поволжья из храма изъяли 9 пудов 25 фунтов 48 золотников золотых и серебряных изделий.
В 1929 году храм был закрыт. Его передали Городской женской тюрьме, располагавшейся по соседству. Затем его передали ОГПУ, и он использовался для приведения в исполнение приговоров к расстрелу, из-за чего церковь получила в народе название «расстрельный храм». В 1970-х годах храм занимало учреждение «Гипробытпром». В 1976—1979 годах была выполнена реставрация храма, на его купол был возвращён крест.
Передача храма Русской православной церкви состоялась в 1992 году. В ходе реставрационных работ был открыты сохранившиеся росписи середины XIX века. Богослужения в храме возобновились с апреля 1994 года. В 2004 году в храм из церкви Рождества Иоанна Предтечи на Пресне вернулась его храмовая икона — образ девяти мучеников Кизических.
Богослужения совершаются ежедневно. Также при Храме действуют:
-Воскресная школа для детей и взрослых
— Приходская библиотека
— Семейный клуб трезвости
