Приход храма святителя Николая Мирликийского в Котельниках известен с 1547 года. Современное здание храма было построено в 1824 году. Архитектор О.И. Бове. В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство после 1917 года. В 1992 году приход был возрожден и получил юридическую регистрацию. В том же году приходу было передано бывшее здание храма. В 1999 году храм был освящен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и Блаженнейшим Дорофеем, Архиепископом Пражским и Митрополитом Чешских земель и Словакии. 5 октября 1999 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и Священным Синодом при храме учреждено подворье Православной Церкви в Чешских землях и Словакии.