Церковь впервые упоминается в летописи, говорящей о событиях 28 июля 1493 года. Первый каменный храм в честь Бориса и Глеба выстроен в 1527 году, по приказу великого князя Василия III. Особенно чтил эту церковь его сын Иван Грозный. При нём в 1551 году храм Бориса и Глеба стал одним из семи московских соборов. Храм был снесен в 1930 году под предлогом реконструкции площади. Приход храма святых князей Бориса и Глеба на Арбатской площади существует с 1997 года. Главный престол освящен во имя святых князей Бориса и Глеба. Первый камень в воссоздаваемый храм (автор проекта архитектор Ю. С. Вылегжанин) был заложен 8 мая 1997 года. 6 августа 1997 года Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II освятил храм-часовню во имя святых благоверных князей страстотерпцев Бориса и Глеба на Арбатской площади. На освящении храма присутствовал президент РФ Борис Николаевич Ельцин.