Большой пятишатровый храм был построен в 1894-1897 гг. как главный храм Клинического городка Московского университета на Девичьем поле (архит. А.Ф. Мейснер и А.А. Никифоров). В 1911 г. в храме были устроены еще два придела — южный, освященный во имя святого благоверного князя Александра Невского, небесного покровителя самого профессора Макеева, и северный — во имя святой великомученицы Екатерины, в поминовение его недавно умершей сестры.; Февральским декретом 1918 г. Церковь была отделена от государства, все домовые храмы упразднялись. Храм святого Архистратига Михаила стал обыкновенным приходским, а его имущество было объявлено «народным достоянием» и описано.; В 1931 г., несмотря на просьбы местных жителей, храм был закрыт, поскольку на его здание претендовал рабочий клуб соседнего завода «Каучук» (в тот же год погибла и церковь Саввы Освященного). Приходской общине храма отказали в регистрации. Официальная причина отказа была чисто советская: действующий храм не может располагаться рядом с культурно-просветительскими и общественными учреждениями. Здание храма использовали под «культпросветчитальню», потом под спортивный зал, под аптеку, под склад и под институтский музей. Для этого здание соответствующим образом перестроили, чтобы придать ему должный вид без намека на «культовую» принадлежность. Уже в 1930-х гг. его легкие шатровые главы и колокольня были снесены, в стенах пробиты окна, внутри возведены перегородки и уничтожена отделка. Институтская администрация, несмотря на рекомендацию включить здание храма в список памятников московской архитектуры, стала добиваться его полного сноса, чтобы непременно на этом месте возвести здание пищеблока. В 1977 г. уже приступили к сносу, разобрали алтарную апсиду и северный Екатерининский придел, но тут открылась первоначальная архитектура здания, и невероятными усилиями общественности уничтожение храма было остановлено.; В начале 1990-х гг. в храм вернулась церковная жизнь: по инициативе ректора Медицинской академии М.А. Пальцева оба здания бывших клинических храмов были переданы Русской Православной Церкви. В храме начались восстановительные работы. Помогла храму и торжественная годовщина — 100-летие клинического городка, праздновавшееся осенью 1997 г., когда его посетили члены Правительства России. Именно тогда Святейший Патриарх Алексий II совершил малое освящение восстановленного храма.; Великое освящение храма состоялось 19 сентября 2002 г., в день, когда святая Церковь вспоминает чудо святого архистратига Михаила в Хонех. Освящение совершил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. ; ;