Храм благоверного князя Александра Невского был сооружён как домовая церковь при ремесленной школе, созданной в 1865 году. Через год после покушения на императора Александра II в 1866 г. школа стала называться Комиссаровской по имени О. И. Комиссарова, спасшего Государя при покушении на него террориста Каракозова. В 1871 году в здании училища была сооружена домовая церковь. Храм был освящён митрополитом Московским Иннокентием. В годы гонений здание училища с домовой церковью было национализировано и передано военному ведомству. В 1996 году Минобороны России сняло с баланса подлежащее капитальному ремонту здание, и оно было продано с аукциона вместе с домовой церковью, являющейся его неотъемлемой частью. В ходе реконструкции здания храм, согласно распоряжению Правительства Москвы, должен быть восстановлен, а затем передан в безвозмездное пользование Московской Патриархии. В 2002 году храм получил статус Патриаршего подворья.