Предание относит возникновение мужской обители «у Воробьевых круч, в Пленницах» к XIII в., но ранние документальные свидетельства о ней относятся лишь к середине XVI в. До конца XVI в. обитель называлась Преображенской пустынью.

Чудесное избавление Москвы от нашествия крымского хана Кызы-Гирея в 1591 г., случившееся в день памяти мученика Андрея Стратилата, подвигло москвичей соорудить в обители сначала деревянный, а затем в 1675 г. — каменный надвратный храм во имя святого мученика Андрея Стратилата. С тех пор монастырь стал называться Андреевским.

История обители связана с размещением в ее стенах с середины XVII в. учительного братства, объединившего образованнейших монахов «ради учения книжного», ставшего по существу первой по времени возникновения академической структурой в Москве.

В 1764 г. обитель была обращена в приходской храм, так как «оный оказался к собственному содержанию безнадежен». В 1923 г. по представлению Замоскворецкого райсовета г. Москвы храм святого мученика Андрея Стратилата был закрыт.

Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 14 августа 1991 г. было открыто Патриаршее подворье. Решением Священного Синода от 16 июля 2013 г. Патриаршее подворье в б. Андреевском монастыре преобразовано в Андреевский ставропигиальный мужской монастырь г. Москвы.

Храмы и здания обители:

-Храм Воскресения Христова в Пленницах, 1689 г.

-Колокольня с храмом Апостола Иоанна Богослова, 1748г. (перестроена в 1848 г.)

-Надвратный храм Мученика Андрея Стратилата, 1675 г.