Свое начало Алексеевский монастырь ведет с середины XIV в., когда был основан по благословению святителя Алексия, митрополита Киевского, Московского и всея Руси. Монастырь был посвящен святому Алексию, человеку Божию. За свою многовековую историю обитель не раз переносилась с места на место. В Красном селе она обосновалась по благословению святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского, в 1837 году.

С приходом к власти большевиков обитель была разорена и упразднена. В 1937-1938 гг. насельницы были арестованы и сосланы, некоторые приговорены к расстрелу. Послушницы Анна и Матрона (Макандины) и Евфросиния (Тимофеева) ныне причислены к лику новомучеников и исповедников Российских.

Возрождение обители началось в 1991 г., когда при храме Всех святых в Красном селе г. Москвы был учрежден приход. В 2010 г. при нем было создано сестричество во имя святого Алексия, человека Божия. В 2012 г. оно было преобразовано в монашескую общину.

Священный Синод на заседании 16 июля 2013 г. принял решение об открытии Алексеевского ставропигиального женского монастыря г. Москвы.

Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла от 21 ноября 2013 г. в целях духовного окормления насельниц Алексеевского монастыря и прихожан при храме свт. Тихона Задонского, расположенного по адресу: г. Москва, Майский просек, д. 5, ПКО «Сокольники», был учрежден скит Алексеевского монастыря.